Μέσα στη δεκαετία του 90 υπήρξαν αρκετές “παρεμβάσεις” από τον όμιλο της Volkswagen, με την τελευταία να αποκτάει τον πλήρη έλεγχο της Skoda το 2000. Από τότε, η τσέχικη εταιρεία κατάφερε να ανεβάζει χρόνο με τον χρόνο δραματικά την ποιότητα των προϊόντων της, αυξάνοντας παράλληλα και τις πωλήσεις. To πρώτο αυτοκίνητο που η Skoda "εκμεταλλεύτηκε" την τεχνογνωσία του γερμανικού ομίλου ήταν το Felicia, το οποίο αποτέλεσε και τον διάδοχο του Favorit.
Το 1996 ήταν μια ακόμα σημαντική χρονιά για τη Skoda, μιας και παρουσίασε το νέο Octavia. Το μεσαίο μοντέλο είναι ένα από τα πιο καλοπουλημένα αυτοκίνητα της τσέχικης γκάμας, αφού μέχρι και σήμερα έχει πουλήσει περίπου 5,6 εκατομμύρια μονάδες. Με περίπου 4 εκατ. πωλήσεις βρίσκεται στη δεύτερη θέση το Fabia, ενώ το τρίτο σκαλί του βάθρου συμπληρώνει το Felicia με 1,4 εκατ. πωλήσεις. Το μεγάλο και πολυτελές Superb βρίσκεται στην τέταρτη θέση με 1,02 εκατ.
Η τσέχικη εταιρεία έχει πουλήσει 15 εκατ. μονάδες, κάτω από την ομπρέλα του γερμανικού ομίλου. Αξίζει να σημειωθεί ότι μόνο το 2016, η Skoda πούλησε 1,1 εκατ. μονάδες σε 100 διαφορετικές χώρες. Αναμφίβολα, η καλή εμπορική πορεία είναι σίγουρη και για τα μοντέλα όπως είναι τα Kodiaq και Karoq.
