Ένα από τα επιτακτικότερα και σοβαρότερα προβλήματα που αντιμετωπίζει σήμερα το νησί της Αλοννήσου είναι αυτό της ακτοπλοϊκής σύνδεσης καθώς το υπό χρήση λιμάνι είναι προβληματικό και κάθε φορά που ο καιρός χαλάει δεν μπορεί να προσεγγίσει καράβι σ' αυτό.
Σύμφωνα με τις μελέτες της Πανελλήνιας Ένωσης Πλοιάρχων Εμπορικού Ναυτικού στο λιμάνι της Αλοννήσου, το Πατητήρι, προσδιορίζεται το μέγιστο πρόβλημα της επικίνδυνης πρυμνοδέτησης στον εξωτερικό προβλήτα, λόγω γειτνίασης με τα βράχια του λιμενοβραχίονα.
Το σημερινό λιμάνι του νησιού, στο Πατητήρι, δεν εξυπηρετεί σε καμία περίπτωση λόγω της επικινδυνότητάς του, αλλά αντίθετα δημιουργεί μια σειρά από προβλήματα, που σύμφωνα με την δημοτική αρχή της Αλοννήσου έχει θέσει ως στόχο να τα αντιμετωπίσει με την κατασκευή ενός νέου σύγχρονου λιμανιού στις Σπαρτίνες.
Μιλώντας στο ΑΠΕ-ΜΠΕ, για το μείζον θέμα του λιμανιού, ο δήμαρχος Αλοννήσου, Πέτρος Βαφίνης, χαρακτήρισε το λιμάνι ως "επικίνδυνο και δύσκολο στην προσέγγιση των πλοίων, είναι ένα λιμάνι χωρίς προστασία, ο χώρος είναι ακατάλληλος και προκύπτουν προβλήματα. Ειδικά τον χειμώνα υπάρχουν μέρες που όταν οι άνεμοι έχουν συγκεκριμένη κατεύθυνση, τα πλοία δεν μπορούν να προσεγγίσουν το λιμάνι, τα βλέπουμε να έρχονται και να φεύγουν. Από την κατασκευή του, πριν πολλά χρόνια, ήταν λάθος η χωροθέτησή του και παράλληλα είναι δύσκολη και η μετακίνηση των αυτοκινήτων όταν δένει καράβι στο νησί".
